Han transcurrido varios años desde The Fruit of Grisaia… Lo que antaño fue la Academia Mihama, un santuario para jovencitas, se ha transformado en una academia de entrenamiento de la SORD, dedicada a cultivar nuevos talentos con vistas a la defensa nacional. Rena y Maki son especialistas en armas de fuego, Tohka y Gumi destacan como francotiradoras, Chris se encarga de los explosivos y el procesamiento de datos, y Murasaki es una ninja experta en operaciones de inteligencia. Juntas, se ocupan de casos demasiado complejos para la policía o las Fuerzas de Autodefensa, enfrentándose en numerosas ocasiones a misiones muy peligrosas. Esta es la historia teñida de sangre y pólvora de estas jóvenes.